Offres de stages de l'UMR

Cette page recense les offres de stages de l'UMR Entropie.

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Sujets de stage Entropie
Deposé le 2017-11-22 20:40:03        Ouvert à candidature
Titre du stage
Constitution et validation d’une base de données barcodes ADN de référence pour les poissons-lanternes de la mer de Corail
Nom du ou des maîtres de stage et leur(s) affiliation(s)
Laboratoire d’accueil : Plateforme du Vivant de l’UMR 250 « Ecologie marine tropicale des océans Pacifique et Indien » (ENTROPIE) / IRD Centre de Nouméa, BPA5 98848 Nouméa, Nouvelle-Calédonie et IRD Centre de Montpellier

Responsable du stage :
Nom : Philippe Borsa (IRD/ENTROPIE, Montpellier)
Tél : +33 6 46 83 87 63 / +62 812 37 453 473
Email : philippe.borsa@ird.fr

Co-responsables du stage :
Nom : Laurent Millet (IRD/ENTROPIE, Nouméa)
Tél : +687 2610 00
Email : laurent.millet@ird.fr

Nom : Valérie Allain (CPS / OFP-FEMA, Nouméa)
Tél : +687 26 20 00 | Ext: 31200
Email: valeriea@spc.int
Description et objectifs scientifiques du projet
Les Myctophidae ou poissons-lanternes, qui vivent au large et en profondeur, représentent une part importante de la biomasse du micronecton, compartiment de l’écosystème océanique comprenant les poissons, crustacés, calmars et organismes gélatineux de taille comprise entre 2 cm et 20 cm. Cette famille de poissons mésopélagiques comprend plus de deux cents espèces réparties en une trentaine de genres.
Ce stage s’inscrit dans le cadre général du programme BIOPELAGOS financé par l’Union européenne, qui a pour objectif de comprendre les mécanismes de la chaîne trophique menant aux grands prédateurs marins du Pacifique tropical sud-ouest. Un des volets du programme BIOPELAGOS concerne la caractérisation de la biodiversité du micronecton. Lors des campagnes d’échantillonnage BIOPELAGOS en mer de Corail, de nombreux spécimens de Myctophidae ont été récoltés à l’aide de chaluts pélagiques à micronecton.
L’identification à l’espèce des poissons Myctophidae requiert l’utilisation de clés d’identification developpées par des spécialistes de la famille. Afin d’accélérer les études sur la communauté des poissons Myctophidae de la mer de Corail, nous cherchons à établir une base de données barcodes ADN.
Le barcode ADN est la séquence d’un fragment du gène CO1, utilisé comme marqueur mitochondrial universel de l’espèce chez les poissons marins. Le barcode ADN permet, en théorie, d’identifier un individu ou un fragment d’individu à l’espèce, mais aussi de repérer des espèces cryptiques potentielles. Une des applications de la base de données barcodes ADN des Myctophidae sera l’identification à l’espèce de spécimens au stade œuf ou larve, ou à l’état incomplet ou abîmé, tels que ceux régurgités par les prédateurs ou bien récupérés dans les estomacs.
Le présent projet de stage M2 consistera à établir les barcodes ADN de poissons Myctophidae échantillonnés lors de campagnes en mer en 2016 et 2017, consacrées à l’écologie du micronecton de la mer de Corail. Les ADN d’individus préalablement identifiés à l’espèce par des spécialistes seront amplifiés et séquencés au locus CO1.

Plus spécifiquement, les objectifs du stage sont :
1. Produire les barcodes ADN d’une collection de spécimens de la famille des Myctophidae, collectés dans la mer de Corail.
2. Etablir une base de données barcodes de référence pour les Myctophidae de la mer de Corail et la déposer dans le Barcoding of Life Datasystems de l’université de Guelph (BOLD).
3. Tester la fiabilité du barcode pour l’identification à l’espèce chez les Myctophidae, en utilisant les outils d’analyse proposés par BOLD.
4. Signaler d’éventuelles espèces cryptiques chez les Myctophidae de la mer de Corail.
Niveau du stage
M2
Moyens techniques et scientifiques mis à disposition de l’étudiant
Durée du stage : 4 à 6 mois, entre janvier et septembre 2018. Le stage se déroulera en partie à Nouméa pour les analyses en laboratoire et à Montpellier pour l’analyse de données et
La rédaction.

Compétences requises : techniques de laboratoire ; connaissances de base en génétique moléculaire, génétique des populations et génétique évolutive.

Le voyage vers Nouméa, de même que la rémunération du stage (550 euros/mois), sont pris en charge par le programme BIOPELAGOS.
Quelques références bibliographiques majeures sur le sujet
Biopelagos project: http://www.spc.int/OceanFish/en/ofpsection/ema/biopelagos
Borsa P, Arlyza IS, Hoareau TB, Shen K-N (2018) Diagnostic description and geographic distribution of four new cryptic species of the blue-spotted maskray species complex (Myliobatoidei: Dasyatidae; Neotrygon spp.) based on DNA sequences. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. doi: 10.1007/s00343-018-7056-2
Durand J-D, Hubert N, Shen K-N, Borsa P (2017) DNA barcoding grey mullets. Reviews in Fish Biology and Fisheries 27, 233-243.
Flynn AJ, Marshall NJ (2013) Lanternfish (Myctophidae) zoogeography off eastern Australia: a comparison with physicochemical biogeography. PLoS ONE 8: e80950.
Hubert N, Dettai A, Pruvost P, Cruaud C, Myers R, Kulbicki M, Borsa P (2017) Geography and life-history traits account for the accumulation of cryptic diversity among Indo-West Pacific coral reef fishes. Marine Ecology Progress Series
Hulley PA, Duhamel G (1997) Lanternfishes (Myctophidae) collected during the 1971-PELAGIA cruises of RV ‘Coriolis’ in the south-west Pacific Ocean. Cybium 21: 299–317.
Wang JT, Chen CT (2001) A review of Lanternfishes (families: Myctophidae and Neoscopelidae) and their distribution around Taiwan and the Tungsha islands with notes on seventeen new records. Zoological Studies 40: 103–126.
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Date d'expiration de l'offre
2017-12-15
Etat du stage
Ouvert à candidature
Deposé le 2017-10-11 06:26:07        Déjà Pourvu
Titre du stage
Caractérisation génétique des baleines à bosse du complexe récifal de Chesterfield-Bellona et connectivité avec les populations voisines
Nom du ou des maîtres de stage et leur(s) affiliation(s)
Claire Garrigue (IRD UMR-ENTROPIE), Claire Bonneville (Opération Cétacés), et Laurent Millet (IRD UMR-ENTROPIE)
Description et objectifs scientifiques du projet
Contexte :
La baleine à bosse (Megaptera noveangliaea, Borowski 1781) est une espèce migratrice cosmopolite qui s’alimente l’été dans les hautes latitudes et se reproduit l’hiver dans les basses latitudes. La population de Nouvelle-Calédonie constitue le sous-stock reproducteur E2 et fait l’objet d’un suivi annuel depuis une vingtaine d’années. Dans le Lagon Sud de la Nouvelle-Calédonie les suivis sont menés par l’association Opération Cétacés mais depuis quelques années d’autres missions ont été conduites dans différentes zones du Parc naturel de la Mer de Corail notamment dans le cadre du programme WHERE mené par l’IRD. En 2016 et 2017, les campagnes MARACAS 1 et 3 ont permis de récolter une quarantaine d’échantillons sur les baleines à bosse rencontrées à Chesterfield-Bellona. Ces échantillons seront utilisés pour analyser la diversité génétique dans cette région. Les résultats obtenus seront comparés à ceux de la banque de données génétiques des baleines à bosse de nos collaborateurs comprenant les animaux migrant le long de la cote est australienne et de la Nouvelle-Zélande permettant de rechercher la connectivité à une échelle régionale.
La génétique des populations est un outil permettant de caractériser les populations et de comprendre les liens existants avec les populations voisines. Plusieurs marqueurs génétiques tels que la région de contrôle de l’ADN mitochondrial (aussi appelée « D-Loop ») ou l’ADN nucléaire tels que les microsatellites peuvent ainsi être utilisés dans ce type d’étude.

Objectif du stage :
Etudier la connectivité génétique des baleines à bosse du complexe récifal de Chesterfield-Bellona sur la base de l’ADN mitochondrial uniquement. D’autres manipulations en laboratoire pourront être demandées à l’étudiant(e), en fonction de l’avancée du stage.

Activités principales :
Analyses en laboratoire :
- Extraction d’ADN basée sur la méthode PCI (Phenol-Chloroform-Isoamyl Alcohol)
- Dosage de l’ADN par Nanodrop
- Sexage moléculaire et valorisation du résultat sur gel d’Agarose 2 %
- Amplification de la région de contrôle l’ADN mitochondrial
- Séquençage (optionnel, en fonction de l’avancée du ou de la stagiaire)
Analyse bio-informatique :
- Traitement des séquences d’ADN mitochondrial
- Alignement des séquences (logiciel : BioEdit ou Geneious)
- Caractérisation de la diversité génétique : diversité haplotypique Hd, diversité nucléotidique Pi (logiciel : DnaSP)
- Réalisation d’un réseau d’haplotypes (logiciel : Network)
- Comparaison avec les corridors migratoires grâce à l’indice de fixation FST (logiciel : DnaSP ou Arlequin)
Niveau du stage
L2
Moyens techniques et scientifiques mis à disposition de l’étudiant
Accès à la plateforme du vivant, Ordinateur
Quelques références bibliographiques majeures sur le sujet
Baker C.S et al 2013. Strong maternal fidelity and natal philopatry shape genetic structure in North Pacific humpback whales. Marine Ecology Progress Series. 494 : 291-306.
Bonneville C. 2014. Caractérisation génétique et initiation d’une étude temporelle des baleines à bosse (Megaptera novaeangliae, Borowski, 1781) dans une aire de reproduction de l’hémisphère sud : le sous-stock C3 de Madagascar (2014). Rapport de stage de Master 2. 39 p.
Flemming A., Jackson J.A 2011. Global review of humpback whales (Megaptera novaeangliae).
Garrigue C., Bonneville C., Derville S., Dodemont R., Pérard V. 2017. Rapport des campagnes MARACAS 1 & 2. 67 p.
Rosenbaum, H.C., Kershaw, F., Mendez, M., Pomilla, C., Leslie, M.S., Findlay, K.P., Best, P.B., Collins, T., Vely, M., Engel, M.H., Baldwin, R., Minton, G., Meÿer, M., Flórez-González, L., Poole, M.M., Hauser, N., Garrigue, C., Brasseur, M., Bannister, J., Anderson, M., Olavarría, C., Baker, C.S. 2017. First circumglobal assessment of southern hemisphere humpback whale mitochondrial genetic variation at multiple scales and implications for management. Endangered Species Research
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Date d'expiration de l'offre
2017-10-11
Etat du stage
Déjà Pourvu
Deposé le 2017-10-10 03:33:16        Déjà Pourvu
Titre du stage
Caractérisation génétique des baleines à bosse du complexe récifal de Chesterfield-Bellona et connectivité avec le lagon Sud
Nom du ou des maîtres de stage et leur(s) affiliation(s)
Claire Garrigue (IRD UMR-ENTROPIE), Claire Bonneville (Opération Cétacés), et Laurent Millet (IRD UMR-ENTROPIE)
Description et objectifs scientifiques du projet
Contexte :
La baleine à bosse (Megaptera noveangliaea, Borowski 1781) est une espèce migratrice cosmopolite qui s’alimente l’été dans les hautes latitudes et se reproduit l’hiver dans les basses latitudes. La population de Nouvelle-Calédonie constitue le sous-stock reproducteur E2 et fait l’objet d’un suivi annuel depuis une vingtaine d’années. Dans le Lagon Sud de la Nouvelle-Calédonie les suivis sont menés par l’association Opération Cétacés mais depuis quelques années d’autres missions ont été conduites dans différentes zones du Parc naturel de la Mer de Corail notamment dans le cadre du programme WHERE mené par l’IRD. En 2016 et 2017, les campagnes MARACAS 1 et 3 ont permis de récolter une quarantaine d’échantillons sur les baleines à bosse rencontrées à Chesterfield-Bellona. Ces échantillons seront utilisés pour analyser la diversité génétique dans cette région. Les résultats obtenus seront comparés à ceux de la banque de données génétiques des baleines à bosse de Nouvelle-Calédonie permettant ainsi d’identifier l’origine de ces animaux et de rechercher la connectivité à l’échelle du parc naturel de la mer de Corail.
La génétique des populations est un outil permettant de caractériser les populations et de comprendre les liens existants avec les populations voisines. Plusieurs marqueurs génétiques tels que la région de contrôle de l’ADN mitochondrial (aussi appelée « D-Loop ») ou l’ADN nucléaire tels que les microsatellites peuvent ainsi être utilisés dans ce type d’étude.

Objectif du stage :
Etudier la diversité génétique les baleines à bosse du complexe récifal de Chesterfield-Bellona sur la base de l’ADN mitochondrial uniquement. D’autres manipulations en laboratoire pourront être demandées à l’étudiant(e), en fonction de l’avancée du stage.

Activités principales :
Analyses en laboratoire :
- Extraction d’ADN basée sur la méthode PCI (Phenol-Chloroform-Isoamyl Alcohol)
- Dosage de l’ADN par Nanodrop
- Sexage moléculaire et valorisation du résultat sur gel d’Agarose 2 %
- Amplification de la région de contrôle l’ADN mitochondrial
- Séquençage (optionnel, en fonction de l’avancée du ou de la stagiaire)
Analyse bio-informatique :
- Traitement des séquences d’ADN mitochondrial
- Alignement des séquences (logiciel : BioEdit ou Geneious)
- Caractérisation de la diversité génétique : diversité haplotypique Hd, diversité nucléotidique Pi (logiciel : DnaSP)
- Réalisation d’un réseau d’haplotypes (logiciel : Network)
- Comparaison avec le Lagon Sud grâce à l’indice de fixation FST (logiciel : DnaSP ou Arlequin)
Niveau du stage
L2
Moyens techniques et scientifiques mis à disposition de l’étudiant
Accès à la plateforme du vivant, et ordinateur
Quelques références bibliographiques majeures sur le sujet
Baker C.S et al 2013. Strong maternal fidelity and natal philopatry shape genetic structure in North Pacific humpback whales. Marine Ecology Progress Series. 494 : 291-306.
Bonneville C. 2014. Caractérisation génétique et initiation d’une étude temporelle des baleines à bosse (Megaptera novaeangliae, Borowski, 1781) dans une aire de reproduction de l’hémisphère sud : le sous-stock C3 de Madagascar (2014). Rapport de stage de Master 2. 39 p.
Flemming A., Jackson J.A 2011. Global review of humpback whales (Megaptera novaeangliae).
Garrigue C., Bonneville C., Derville S., Dodemont R., Pérard V. 2017. Rapport des campagnes MARACAS 1 & 2. 67 p.
Rosenbaum, H.C., Kershaw, F., Mendez, M., Pomilla, C., Leslie, M.S., Findlay, K.P., Best, P.B., Collins, T., Vely, M., Engel, M.H., Baldwin, R., Minton, G., Meÿer, M., Flórez-González, L., Poole, M.M., Hauser, N., Garrigue, C., Brasseur, M., Bannister, J., Anderson, M., Olavarría, C., Baker, C.S. 2017. First circumglobal assessment of southern hemisphere humpback whale mitochondrial genetic variation at multiple scales and implications for management. Endangered Species Research
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Date d'expiration de l'offre
2017-10-10
Etat du stage
Déjà Pourvu
Deposé le 2017-10-04 22:34:24        Déjà Pourvu
Titre du stage
Informatique scientifique: Développement de l'application BDMER pour la gestion des pêcheries d'holothuries
Nom du ou des maîtres de stage et leur(s) affiliation(s)
Nom du ou des maîtres de stage et leur(s) affiliation(s)
Responsable de stage:
Nom: Marc Léopold
Tél: +261 34 95 693 51
Email: marc.leopold@ird.fr


Co-responsable du stage :
Nom: Sylvie Fiat
Tél: +687 26 07 95
Email: sylvie.fiat@ird.fr
Description et objectifs scientifiques du projet
Depuis les années 1990, les stocks d'holothuries, mondialement surexploités, sont en fort déclin en raison de l’essor des marchés asiatiques. Cette surpêche touche la majorité des espèces commerciales tropicales de l’Indo-Pacifique. L’IRD travaille depuis 2008 dans plusieurs pays à la mise en œuvre d’une gestion adaptative, précautionneuse et concertée des pêcheries d’holothuries, afin d’assurer la durabilité de ce secteur économique.
Aux Seychelles, le projet SEACUSEY vise à définir et mettre en œuvre des mesures de cogestion opérationnelles, adaptées à l’abondance et la distribution des stocks des quatre principales espèces commerciales (Holothuria « pentard », H. nobilis, H. fuscogilva, Thelenota ananas). En particulier, le projet prévoit le développement de l'application web BDMER, qui permettra aux gestionnaires d'évaluer les stocks grâce à des rapports d’estimations statisitiques fournis par l'application.
Le stage consistera au développement de la version 3.0 de l'application, en collaboration avec notre partenaire institutionnel (Seychelles Fishing Authority) et l’association des pêcheurs professionnels. Le développement sera basé sur les nouvelles technologies telles que docker, angular2, electron, nativescript, pouchdb.
Niveau du stage
2017-11-30
Moyens techniques et scientifiques mis à disposition de l’étudiant
L'étudiant-e sera accueilli-e au centre IRD de Nouméa afin de pouvoir travailler avec l'ingénieur informatique en charge du projet.

Dates: 1er janvier au 30 juin 2018

Compétences requises:
Bonnes connaissances en technologies du web ; angular2 un plus ; docker, git apprécié.
Quelques références bibliographiques majeures sur le sujet
- Estimating sea cucumber resource abundance in the Seychelles using spatially-explicit fishery-dependant data, Marc Léopold, Rodney Govinden, Julie Caquelard, Pascal Bach
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Date d'expiration de l'offre
2017-11-30
Etat du stage
Déjà Pourvu
Deposé le 2017-10-03 07:20:03        Déjà Pourvu
Titre du stage
Influence des variables environnementales et des perturbations anthropiques sur la sélection des habitats et le comportement des grands dauphins dans un lagon tropical
Nom du ou des maîtres de stage et leur(s) affiliation(s)
Sébastien JAQUEMET, Pr.
Tél : 00-262-262-938-174
E-mail : sebastien.jaquemet@univ-reunion.fr
Description et objectifs scientifiques du projet
Le stage s’intègre dans une étude conduite conjointement par l’université de La Réunion, le parc naturel marin de Mayotte et l’international Florida University Miami. Cette étude a pour objectifs d’analyser l’impact des différents paramètres anthropiques (trafic maritime, distance aux principales villes, etc.) et naturels (profondeur, nature du substrat, distance aux récifs coralliens) sur la distribution des dauphins et les budgets d’activité des dauphins, et ce en vue d’améliorer les approches de gestion pour la préservation de cette espèce emblématique au sein de l’aire marine protégée qu’est le parc naturel marin de Mayotte, qui est rattaché à l’agence française de la biodiversité.
L’objet du stage est d’évaluer les préférences d'habitat du grand dauphin en fonction des différentes variables environnementales (type d'habitat, profondeur) et du dérangement anthropique (trafic maritime) par la modélisation de l'influence relative des variables sur la distribution et le comportement (budgets d’activités) des dauphins afin de déterminer leurs habitats préférentiels et la fonctionnalité des grands types d’habitats qu’ils exploitent autour de l’île.
Niveau du stage
M2
Moyens techniques et scientifiques mis à disposition de l’étudiant
Le ou la stagiaire aura en charge d’analyser les données issues des missions de terrain de l’étude du grand dauphin de l’Indo-Pacifique à Mayotte collectées entre 2004 et 2016. Le ou la stagiaire devra : (1) Organiser et structurer les bases de données et les préparer pour l’analyse statistique, (2) Effectuer des statistiques exploratoires afin de définir les outils analytiques à envisager, (3) Analyser les données comportementales issues des observations et suivis focaux des dauphins, (4) Mettre en lien ces données avec les variables suivantes : données de trafic maritime (collectées sur le terrain) et paramètres d’habitat (couches de données existantes : bathymétrie, types d’habitat, état de santé de l’habitat…), (5) Effectuer des comparaisons avec les informations bibliographiques disponibles sur le grand dauphin de l’Indo-Pacifique.
Les résultats du stage viendront en aide aux gestionnaires pour des mesures de gestion en fonction des résultats obtenus sur le périmètre du Parc naturel marin de Mayotte.

Compétences particulières :
- Autonomie et organisation dans le travail.
- Connaissance solide en matière de biologie marine, la connaissance des mammifères marins serait un plus
- Maîtrise de l’anglais scientifique pour la bibliographie et envisager à la suite du stage la rédaction d’une publication internationale dans un journal à comité de lecture
- Bonne maîtrise des outils d’analyse statistique, de modélisation et d’analyse spatiale (R, QGIS)
Quelques références bibliographiques majeures sur le sujet
Jaquemet S., Le Corre M., Marsac F., Potier M. & Weimerskirch H., 2005 - Foraging habitats of the seabird community of Europa Island (Mozambique Channel), Mar. Biol. 147(3): 573-582
Le Corre M., Jaeger A., Pinet P., Kappes M., Weimerskirch H., Catry T., Ramos J., Russell J., Shah N., Jaquemet S. 2012 – Tracking seabirds to identify potential marine protected areas in the tropical Indian Ocean. Biol. Conserv. 156: 83-93
Jaquemet S., Ternon J.F., Kaehler S., Thiebot J.B., Dyer B., Bemanaja E., Marteau C., Le Corre M. 2014 – Contrasted structuring effects of mesoscale features on the seabird community in the Mozambique Channel. Deep-Sea Res. II 100: 200-211
Thiers L., Louzao M., Ridoux V., Le Corre M., Jaquemet S., Weimerskirch H. 2014 – Combining methods to describe important marine habitats for top predators : Application to identify biological hotspots in tropical waters. PlosOne 9(12) : e115057
Legrand B., Benneveau A., Jaeger A., Pinet P., Potin G., Jaquemet S., Le Corre M. (2016) – Current wintering habitat of an endemic seabird of Reunion Island, Barau’s petrel Pterodroma baraui, and predicted changes induced by global warming. Mar. Ecol. Prog. Ser. 550 : 235-24
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Date d'expiration de l'offre
2017-10-03
Etat du stage
Déjà Pourvu
Deposé le 2017-10-03 07:18:45        Déjà Pourvu
Titre du stage
Effet des lipides et de l’urée sur les valeurs isotopiques des tissus de requin tigre et bouledogue
Nom du ou des maîtres de stage et leur(s) affiliation(s)
Sébastien JAQUEMET, Pr.
Tél : 00-262-262-938-174
E-mail : sebastien.jaquemet@univ-reunion.fr
Description et objectifs scientifiques du projet
L’utilisation des isotopes stables en écologie trophique est un complément intéressant à l’étude traditionnelle des contenus stomacaux pour plusieurs raisons. Elle nécessite cependant des développements méthodologiques parfois liés aux processus chimiques sous-jacents. Ainsi chez les requins, les taux variables de lipides dans les tissus et surtout la présence d’urée dans la chair en particulier, qui est un déchet azoté, peut affecter les valeurs isotopiques comme cela a été montré récemment chez des requins pélagiques (Li et al. 2016).
L’objectif du stage est de suivre la méthodologie développer par Li et al. (2016) et de l’appliquer aux échantillons prélevés à La Réunion sur les requins tigre et bouledogue. Plus spécifiquement, il s’agira de : (1) tester différentes méthodes de traitement des échantillons permettant de réduire les concentrations en lipides, en urée ou les deux sur les valeurs isotopiques en carbone et azote afin de proposer un protocole clair pour la suite des études, (2) mettre au point des corrections analytiques des valeurs pour les échantillons non-traités, (3) revoir les interprétations des résultats précédents sur l’écologie trophique et les stratégies d’exploitation des ressources par les deux, définies par Trystram et al. (2017) à partir d’échantillons non traités.
Niveau du stage
M2,M1
Moyens techniques et scientifiques mis à disposition de l’étudiant
Les échantillons à analyser sont issus des dissections de requins capturés dans le cadre des pêches de régulation réalisées depuis 2012 à La Réunion. Des échantillons de sang, de chair et de peau sont prélevés sur chaque requin tigre et bouledogue afin d’étudier l’écologie trophique des individus en fonction de leur âge, leur sexe et au cours du temps. Différents traitements seront appliqués sur ces tissus afin d’extraire les lipides et l’urée et comprendre l’effet de ces composés sur les valeurs isotopiques de l’azote et du carbone.

Le travail de laboratoire sera réalisé à l’université de La Réunion. Les mesures de valeurs isotopiques des différents échantillons seront réalisées à l’université de La Rochelle. L’analyse des données sera réalisée à l’université de La Réunion. L’étudiant devra avoir des connaissances dans l’analyse des traceurs bio-géo-chimiques en écologie et des compétences de base pour le travail en laboratoire pour suivre des protocoles de traitement des échantillons.
Quelques références bibliographiques majeures sur le sujet
- Rabehagasoa N., Lorrain A., Bach P., Potier M., Jaquemet S., Richard P., Ménard F. 2012 – Isotopic niches of the blue shark Prionace glauca and the silky shark Carcharhinus falciformis in the southwestern Indian Ocean. Endang. Spec. Res. 17: 83-92
- Cherel Y., Jaquemet S., Maglio A., Jaeger A. 2014 – Differences in δ13C and δ15N values between feathers and blood in seabird chicks: implication for non-invasive isotopic investigations. Mar. Biol. 161 : 229-237
- Blaison A., Jaquemet S., Guyomard D., Vangrevelynghe G., Gazzo T., Cliff G., Cotel P., Soria M. (2015) – Seasonal variability of bull and tiger shark presence on the west coast of Reunion Island, western Indian Ocean. Afr. J. Mar. Sci. 37(2) : 199-208
- Trystram C., Rogers K.M., Soria M., Jaquemet S. (2017) – Feeding patterns of two sympatric shark predators in coastal ecosystems of an ocean island. Can. J. Fish. Aquat. Sci. 74
Email de réponse pour les postulants
Date d'expiration de l'offre
2017-10-03
Etat du stage
Déjà Pourvu
Deposé le 2017-10-03 07:17:15        Déjà Pourvu
Titre du stage
Détermination de l'âge, étude de la croissance et de l'histoire de vie des requins tigre et bouledogue pêchés à La Réunion à partir de l'analyse de leurs vertèbres
Nom du ou des maîtres de stage et leur(s) affiliation(s)
Sébastien JAQUEMET, Pr.
Tél : 00-262-262-938-174
E-mail : sebastien.jaquemet@univ-reunion.fr
Description et objectifs scientifiques du projet
es données sur l’âge et la croissance des poissons sont essentielles à la compréhension des traits d’histoire de vie des espèces et des populations et à l’étude de la structure démographique des populations et à leur dynamique. Elles permettent une meilleure compréhension de l’évolution des stocks en fonction de leur niveau d’exploitation ou de variations environnementales.
Chez les poissons cartilagineux, comme les requins, les vertèbres sont les structures les plus utilisées pour déterminer l’âge et la croissance des individus. L’origine des composants des vertèbres des requins est à la fois environnementale et alimentaire. Les vertèbres des requins représenteraient donc une sorte de boîte noire, dont l’analyse permettrait d’estimer l’âge, la croissance et les différents milieux de vie dans lesquels les individus ont évolué et se seront alimentés au cours de leur vie.
Ce projet de recherche s’inscrit dans le cadre du plan gouvernemental de gestion et réduction du risque requin à La Réunion. Il s’intéresse aux deux principales espèces de requin responsables des attaques sur le littoral réunionnais : le requin tigre Galeocerdo cuvier et le requin bouledogue Carcharhinus leucas. Il s’agit de continuer l’acquisition des connaissances sur la biologie et l’écologie des deux espèces, afin d’apporter des éléments d’aide à la décision dans les mesures à prendre pour la gestion du risque.

L’objectif du projet est d’initier l’étude de l’âgeage, la croissance et l’histoire de vie des requins tigre et bouledogue capturés à La Réunion dans le cadre des programmes de pêche de régulation des populations. Il s’agit de valoriser scientifiquement les prises de requins réalisées dans le cadre de pêche de régulation. Depuis 2012, des portions de colonne vertébrale ont été conservées pour chaque animal disséqué, ainsi que pour certains embryons retrouvés dans le ventre de femelles et de quelques juvéniles de requin bouledogue récupérés auprès de pêcheurs informels.
 Plus précisément, il s’agira dans un premier temps de dénombrer les paires de bandes au niveau des vertèbres d’une soixantaine d’individus couvrant l’ensemble de la gamme de taille disponible pour chaque espèce, afin d'établir les courbes de croissance et les taux de croissance en fonction de l’âge chez les deux espèces à La Réunion. En fonction de la répartition des échantillons par taille et par sexe, des modèles individuels pourront être produits en fonction du sexe et testés pour savoir si des différences sexuelles existent dans la croissance des individus.
 La seconde partie du projet concerne l’histoire de vie des requins bouledogue et tigre, en fonction de leur âge et de leur sexe. Il s’agira de réaliser des analyses microchimiques afin de décrire les variations de la composition élémentaire des vertèbres en fonction de l’âge des individus. Cela permettra d’identifier d’éventuels changements d’habitat et/ou de régime alimentaire au cours du développement des individus, et en fonction de leur activité reproductrice. Ainsi des migrations pourraient être mises en évidence entre les milieux océanique et estuarien chez les femelles qui pourraient suggérer des périodes de mise bas en eaux douces comme cela a été montré en Australie. En fonction du signal obtenu, il est envisageable d’identifier le nombre d’évènements de reproduction chez les femelles.
 Une troisième partie innovante est proposée. Il s’agira d’analyser la composition isotopique (carbone, azote, oxygène) de différentes portions de vertèbres afin de complémenter les analyses de composition élémentaire et ainsi mieux comprendre les mouvements des requins entre habitats en fonction de leur âge.
Niveau du stage
M2
Moyens techniques et scientifiques mis à disposition de l’étudiant
Les analyses seront réalisées à Montpellier sur la plateforme « Sclérochronologie et biométrie » de l’UMR Marbec. Cette plateforme permet de:
Pour chaque requin étudié, une vertèbre sera coupée en son centre selon un axe sagittal en tranche d'environ 600µm d'épaisseur. Pour chaque section une acquisition d'images sera réalisée puis les différentes bandes translucide et opaque formant les dépôts annuels seront alors comptées sur la partie externe (corpus calcareum) des section.
Les analyses par spectrométrie de masse à plasma à couplage inductif se feront sur les mêmes préparations et des transects seront analysés du centre de la vertèbre vers l'extérieur représentant l'enregistrement sur toute la vie de l'animal. Une dizaine d'éléments chimiques sont analysés (Ca, Sr, Ba, Mg, Mn, …), afin de caractériser les différentes conditions environnementales rencontrées par l’animal au cours de sa vie et les coupler avec son âge. Les échantillons prélevés pour les analyses isotopiques seront envoyés à l’université de La Rochelle pour y mesurer les concentrations des différents isotopes.

L’essentiel du travail de laboratoire sera réalisé à Montpellier, ainsi que l’analyse des données dans le cadre d’une collaboration avec Dr. Audrey DARNAUDE de l’UMR Marbec. L’étudiant devra être autonome, s’adapter à différents environnements de travail, avoir des connaissances en dynamique des populations et dans l’analyse des traceurs bio-géo-chimiques en écologie
Quelques références bibliographiques majeures sur le sujet
- Rabehagasoa N., Lorrain A., Bach P., Potier M., Jaquemet S., Richard P., Ménard F. 2012 – Isotopic niches of the blue shark Prionace glauca and the silky shark Carcharhinus falciformis in the southwestern Indian Ocean. Endang. Spec. Res. 17: 83-92
- Jaquemet S., Smale M.J., Blaison A., Guyomard D., Soria M., 2013 – First observation of a pregnant tiger shark (Galeocerdo cuvier) at Reunion Island, Western Indian Ocean. Western Indian Ocean Journal of Marine Science 11(2): 205-207
- Pirog A., Blaison A., Jaquemet S., Soria M., Magalon H. (2015) – Isolation and characterization of 20 microsatellite markers from Carcharhinus leucas (bull shark) and cross-amplification in Galeocerdo cuvier (tiger shark), Carcharhinus obscurus (dusky sharks) and Carcharhinus plumbeus (sandbar shark). Conservation Genet Resour 7(1) : 121-124
- Blaison A., Jaquemet S., Guyomard D., Vangrevelynghe G., Gazzo T., Cliff G., Cotel P., Soria M. (2015) – Seasonal variability of bull and tiger shark presence on the west coast of Reunion Island, western Indian Ocean. Afr. J. Mar. Sci. 37(2) : 199-208
- Pirog A., Jaquemet S., Blaison A., Soria M., Magalon H. (2016) – Isolation and characterization of eight microsatellite loci for Galeocerdo cuvier (tiger shark) and cross-amplification in Carcharhinus leucas, Carcharhinus brevipinna, Carcharhinus plumbeus, and Sphyrna lewini. PeerJ 4 : e2041
- Trystram C., Rogers K.M., Soria M., Jaquemet S. (2017) – Feeding patterns of two sympatric shark predators in coastal ecosystems of an ocean island. Can. J. Fish. Aquat. Sci. 74
- Pirog A., Jaquemet S., Soria M., Magalon H. (2017) – First evidence of multiple parternity in the bull shark (Carcharhinus leucas). Mar. Fresh. Res. 68(1) : 195-201 (2): 216-227
Email de réponse pour les postulants
Date d'expiration de l'offre
2017-10-03
Etat du stage
Déjà Pourvu
Deposé le 2017-10-03 03:55:02        Déjà Pourvu
Titre du stage
Étude de l’activité acoustique des baleines à bosse en zone de reproduction, lien avec les variations environnementales
Nom du ou des maîtres de stage et leur(s) affiliation(s)
Responsable du stage :
Nom : Claire Garrigue
Tél : +687 82 95 60
Email : claire.garrigue@ird.fr

Co-Responsable du stage :
Nom : Jérôme Aucan (IRD/LEGOS)
Tél : +687 73 83 04
Email : jerome.aucan@ird.fr

Nom : Dr Ellen Garland (University research fellow, University of St Andrews, UK)
Email: j ecg5@st-andrews.ac.uk

Nom : Solène Derville (doctorante UMR Entropie)
Email: solene.derville@ird.fr
Description et objectifs scientifiques du projet
En Nouvelle-Calédonie la zone côtière du lagon sud est reconnue comme la principale zone de reproduction des baleines à bosse mais l’utilisation de la télémétrie satellitaire a récemment permis de mettre en évidence un usage soutenu de certaines zones océaniques. Plusieurs expéditions scientifiques ont permis d’identifier le mont sous-marin d’Antigonia comme une importante zone de reproduction. Les baleines à bosse mâles adultes émettant des chants longs et complexes sur les zones de reproduction, un hydrophone autonome a été déployé afin d’étudier la présence des baleines à bosse sur cette zone au cours de la saison 2017.
La variation temporelle de l’émission des chants de baleines à bosse sera recherchée à l’aide du logiciel Pamguard afin de rechercher la présence et d’évaluer la périodicité des chants. Le lien avec les conditions environnementales expérimentées par les baleines sur le mont sous-marin sera ensuite abordé à l’aide de données issues de modèles de circulation océanique et de données collectées in situ (température, marées, turbulence etc.)
Les variations temporelles seront ensuite mesurées à l’échelle de la journée et les résultats obtenus seront comparés à ceux disponibles pour le lagon sud de la Nouvelle-Calédonie afin de rechercher une éventuelle variation de l’activité acoustique entre les zones de reproduction cotière et hauturière.
Ce projet à caractère pluridisciplinaire se base sur des données collectées au cours des saisons d’observation 2014 à 2017 dans le lagon sud et 2017 sur le mont sous-marin d’Antigonia
Le stage permettra à l'étudiant de développer ses compétences dans des domaines variés : bioacoustique, océanographie physique, bio statistiques et traitement de données sous R
Niveau du stage
M2
Moyens techniques et scientifiques mis à disposition de l’étudiant
L’étudiant sera accueilli au centre IRD de Nouméa (avec possibilité d’hébergement)
Dates : 1er janvier au 30 juin
Compétences requises : bonne maitrise du langage de programmation R, connaissance des logiciels Audacity et/ou Pamguard.
Quelques références bibliographiques majeures sur le sujet
GARLAND EC, GOLDIZEN AW, REKDAHL ML, CONSTANTINE R, GARRIGUE C, HAUSER N, POOLE MM, ROBBINS J, NOAD MJ 2011. Dynamic horizontal cultural transmission of humpback whale song at the ocean basin scale. Current Biology 21:15
GARRIGUE C, CLAPHAM PJ, GEYER Y, KENNEDY AS, ZERBINI AN 2015. Satellite tracking reveals novel migratory patterns and the importance of seamounts for endangered South Pacific humpback whales. Royal Society Open Science, 2:150489
ORGERET F, GARRIGUE C, GIMENEZ O, PRADEL R 2014. Robust assessment of population trends in marine mammals applied to the New Caledonia humpback whales. Marine Ecology Progress series, 515:265273.
GARRIGUE C, DODEMONT R, STEEL D, BAKER CS 2004. Organismal and ‘gametic’ capture recapture using microsatellites genotyping confirm low abundance and reproductive autonomy of humpback whales on the wintering grounds of New Caledonia. Marine Ecology Progress Series 274: 251262.
Email de réponse pour les postulants
Date d'expiration de l'offre
2017-10-03
Etat du stage
Déjà Pourvu