VSC Ingénieur Bioinformatique (H/F)

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

 

Description de l'offre:

L’unité de recherche « Lagon, Ecosystèmes et Aquaculture Durable de Nouvelle Calédonie » développe des actions de recherche, de développement et d’expertise sur plusieurs domaines appliqués à deux grands ensembles d'écosystèmes, les agrosystèmes aquacoles et le lagon : (i) l’amélioration des connaissances en santé et physiologie des organismes en élevage, et des processus environnementaux dans les milieux d’élevage, et pour l’optimisation de la productivité des filières aquacoles étudiées ; (ii) la bio-prospection et la caractérisation des microalgues marines en vue de leur culture et leur valorisation, (iii) le développement d'indicateurs de pression.

Placée sous la responsabilité du Responsable de l’Unité de Recherche « Lagon, Ecosystèmes et Aquaculture Durable en Nouvelle-Calédonie » (LEAD NC), la personne recrutée viendra renforcer l'activité des chercheurs de l'Ifremer Nouvelle-Calédonie en matière d'analyse de données issues des technologies NGS, générées dans le cadre des projets de recherches menés sur l’aquaculture (crevettes, microalgues, plantes halophytes). Ses missions principales porteront sur la mise en œuvre des outils d’analyse disponibles dans les domaines de la bioinformatique, l'analyse de données de métabarcoding et l'assemblage et annotation de génomes et transcriptomes.

Il/Elle est techniquement et scientifiquement encadré(e) par le cadre en charge du pilotage de l’action principale sur laquelle elle intervient.

 

Les activités sont les suivantes :

• Il/elle participe à l’analyse de données NGS résultantes de séquençage HiSeq notamment de métabarcoding (gène codant pour l’ADNr 16S et 18S) de différents projets en lien avec l’aquaculture de la crevette et d’autres modèles biologiques, et à l’analyse biostatistique des communautés microbiennes.
• Il/elle participe à l’assemblage de novo et à l’analyse d’annotation du génome et de transcriptomes de la crevette Litopenaeus stylirostris (ou autres espèces d’intérêts économiques ou écologiques)
• Il/elle réalise un rapportage précis et régulier de ses activités : présentation orale et rédaction des rapports d’étude selon les projets
• Il/elle réalise une veille scientifique et bibliographique sur les technologies NGS et les algorithmes d’analyses (métabarcoding, génomique, métagénomique (DNA-seq), transcriptomique et métatranscriptomique (RNA-seq), en lien avec les autres unités Ifremer impliquées dans ces domaines et du service de bioinformatique de l'Ifremer (SeBIMER).
• Il/elle participe aux expérimentations, campagnes de prélèvements et aux analyses en microbiologie et biologie moléculaire des projets en lien avec les analyses bioinformatiques qu’il/elle aura à réaliser.

 

Profil recherché

• Ingénieur/Master 2 (Bac+5) en bioinformatique
• Une première expérience dans le traitement et l'analyse NGS (stage, CDD) est indispensable
• Permis B indispensable.

 

Compétences techniques / métiers :

• Maîtriser les concepts et outils de la bioinformatique (manipulation de données NGS, Galaxy, pipeline d’analyse de données NGS, un ou plusieurs langage(s) de programmation (Python, UNIX)
• Maîtrise des outils informatiques et statistiques de base ; maitrise de l’environnement R. 
• Connaissances en analyses statistiques de données « omiques ».
• Expériences et connaissances en biologie animale souhaitée.
• Maîtrise de l’anglais technique.

 

Qualités personnelles :

• Sens de l’organisation, rigueur, esprit d’initiative, autonomie et motivation
• Aptitude à travailler et communiquer en équipe,
• Capacité rédactionnelle de rapport scientifique,
• Capacité à s’adapter dans un contexte d’isolement géographique

 

Conditions de travail

• Poste de Volontaire de Service Civique d’une durée de 12 mois, éventuellement renouvelable 12 mois
• Le statut du volontariat de service civique (VSC) est régi par la réglementation relative au service civique.
• Montant de l’indemnité : 2075 euros mensuels (exonérée de l’impôt sur le revenu).
• Temps complet, embarquements, déplacements, travail de week end et jours fériés                                                                   

 

Pour postuler

Date de clôture de réception de candidatures : 07/06/2021

Toutes les candidatures sont traitées exclusivement via le site Carrières de l'Ifremer.