Présentation

L’objet de mes recherches est consacré au déterminisme génétique des réponses cellulaires et/ou physiologiques de différents organismes, modèles ou non, en fonction de leur condition environnementale. Il s’agit principalement d’études sur des espèces marines (bénitiers, coraux, algues corallines…) et des espèces commensales (bactéries, symbiontes…) mais aussi sur des lignées cellulaires notamment humaines. Elles sont basées sur des analyses de discriminations génétiques et d’expression génique pouvant également être corrélées à l’analyse chimique des métabolites secondaires (génomique fonctionnelle, génétique cellulaire et moléculaire, écologie chimique, écophysiologie…). Les conditions environnementales, au sens large, comprennent aussi bien les paramètres environnementaux biophysiques (température, acidité, luminosité...) que chimiques (pesticides, métabolites secondaires…) ou biologiques (pathogènes, maladies, interactions interspécifiques…). La mise à jour de variants génétiques couplée à l’étude des conditions environnementales à grande échelle pourvoit au développement d’une aide stratégique pour la conservation du patrimoine (génomique paysagère).

 

Zones d’étude

Pacifique Sud

 

Programme de recherche en cours

-ANR 2018-2021 Seamounts. Seamounts as critical habitats for marine biodiversity (Vigliola Laurent). Analyses metabarcoding – eDNA.

-Projet Ministère de l’Economie verte et du domaine (PF) 2019-2022 Tam-Tam. TAManu d'hier et TAManu d'aujourd'hui: valorisation innovante de production durable d'huile de Tamanu et dérivés de Polynésie française à haute valeur ajoutée en dermo-cosmétique par des méthodes éco-conçues (Raharivelomanana Phila). Evaluation des activités biologiques ciblées - Analyses transcriptomiques.

-Projet Politique de site – Ifremer 2020 ASSIST. Influence des assemblages inter-espèces (crevettes, bénitiers et holothuries) sur leur microbiote et leur sensibilité à l’infection par Vibrionaceae (N. Wabete). Analyses metabarcoding.

-Projet Région Centre -Val de Loire: Cosmetosciences project, a global training and research program

-Projet Seascape Genomics

 

Implication dans l'enseignement et la formation

-+ de 30 années d’enseignement en supérieur (gestion et encadrement à tous niveaux : du L1, notamment PCEM1/PACES, à Master 2 et cours pour école doctorale + Cours Pasteur, EPHE…).

-Disciplines enseignées: Génétique, Biochimie, Biologie Cellulaire, Biologie Moléculaire, Mathématiques, Statistiques, Informatique, Vulgarisation scientifique

-Encadrement d’étudiants (5 thèses, 37 : post-doctorants, grandes écoles, master, licence, BTS…)

-Organisation de « training courses »

 

Compétences techniques et scientifiques

-Génétique fondamentale (mutagénèse, transformation, OGM…)

Biologie moléculaire (cultures, clonage, amplifications, NGS, approches « omiques »)

-Biologie cellulaire (culture de cellules, tests elisa-enzymatiques, cytométrie en flux, western blots, microscopie photonique…)

-Bio-informatique (Traitement des données « omiques »-métabo/transcripto/géno, programmation R-scilab-python…)