Présentation

Animation d’un axe transversal sur le microbiome marin

J’ai pour objectifs de développer des travaux de recherche sur la diversité du microbiome marin, en particulier les microorganismes (virus, bactéries, champignons, algues) associés aux macro-organismes (tels que les coraux, les macro-algues, les invertébrés, les poissons, les oiseaux, voire les mammifères) des écosystèmes marins et insulaires tropicaux et qui sont les principaux sujets d’étude de l’UMR ENTROPIE. Ces travaux seront menés en relation et en appui avec les projets financés à venir et en cours au sein des axes thématiques de l’unité. 
 En particuliers, il s’agit de mener des études sur (i) les composantes microbiennes de la biodiversité marine (Axe 2), (ii) les interactions hôtes-pathogènes ou entre l’individu et son microbiome (Axe 3), (iii) l’évolution des peuplements microbiens indicateurs de l’état de santé d’un milieu en lien avec les composantes de l’environnement en milieu contrôlé et en milieu naturel (Axe 1), et (iv) la recherche de molécules valorisables et innovantes d’intérêt biologique sur les microorganismes cultivables (biofilms, substances biologiques actives) (Axe 4).

 

Zones d'étude

Bassins Océan Indien et Pacifique

 
Programmes de recherche en cours
  • Direction Thèse CIFRE : IRD / Université de La Réunion / OCEA Consult.  Doctorante : Jannel Lou-Anne. Utilisation de l’ADNe comme outil innovant pour appréhender les variations de la biodiversité suite aux modifications environnementales et anthropiques dans le continuum terre-mer à La Réunion. Démarrage : 2nd semestre 2021. Financement : projet ADENORUN. 
  • Projet ADENORUN (2021-2022) : Utilisation de l’ADNe comme outil innovant pour appréhender les variations de la biodiversité́ en réponse aux forçages environnementaux et anthropiques dans le continuum terre-mer à La Réunion. Financement : 250k€ via la DRARI (Plan de relance Etat / région Réunion).  
  • Projet BIOINDIC : recherche de bioindicateurs microbiens reflets des pressions anthropiques dans l’écosystème récifal de La Réunion. Durée 3 ans : 2021-2023. UMRs partenaires : ESPACE-DEV / LOCEAN. Financement : Fédaration OMNCG OSUR / Université Réunion : 15k€ / an sur 3 ans.
  • Projets sur les microbiomes associés à la pollution plastique à La Réunion avec financements de 15k€ / an par la Fédération BIOST (Université Réunion). UMRs partenaires : MIO et PIMIT
    • Projet BMRPLASTRUN (2021): Recherche de pathogènes multi-résistants aux agents antimicrobiens véhiculés par les débris plastiques marins : 1ère étude préliminaire à La Réunion et Madagascar.
    • Projet BMRTORTUPLAST. (2022): Recherche de pathogènes multi-résistants aux agents antimicrobiens véhiculés par les débris plastiques marins retrouvés dans les bassins de pompage du Centre de soins des tortues à La Réunion (Kélonia) : comparaisons entre les profils moléculaires des souches pathogènes isolées des plastiques avec ceux des pathogènes isolées sur les tortues marines malades
  • En collaboration avec F. Mangioni et C. Majorel (UMR Entropie Nouvelle-Calédonie) : étude du microbiome de l’éponge Rhabdastrella globostellata des récifs de Bouraké.
  • En collaboration avec N. Callac / C. Majorel ( (UMR Entropie Nouvelle-Calédonie) : projet en cours d’instruction AAP IFREMER : projet PlastoPathoNC : Identification de bactéries pathogènes et/ou antibiorésistantes, véhiculées par les microplastiques collectés sur des zones intertidales en Nouvelle-Calédonie

Implication dans l'enseignement et la formation

A venir : contribution aux enseignements universitaire en microbiologie / biologie moléculaire

 

Compétences techniques et scientifiques

Microbiologie, Biologie-moléculaire (NGS), Biochimie

Microbiologie environnementale depuis l’individu jusqu’à l’écosystème.