Julie Ripoll

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Post-Doctorant
L’acclimatation des coraux à l’acidification des océans : étude par transcriptomique comparative, après transferts réciproques, de coraux vivant ou non à proximité de résurgences sous-marines en CO2
DOCTORAT, UNIVERSITE D’AVIGNON ET DES PAYS DU VAUCLUSE, 2015
IRD Nouvelle-Calédonie
Mots-clés : coraux, écophysiologie, Acidification, Analyse métatranscriptomique, Bioinformatique, Diversité génétique, métabolisme, Stress abiotiques
Présentation

Thèmes de recherche et intérêts

Projet CARIOCA : L’acclimatation des coraux à l’acidification des océans : étude par transcriptomique comparative, après transferts réciproques, de coraux vivant ou non à proximité de résurgences sous-marines en CO2

Une grande partie de notre compréhension des effets de l'acidification et du réchauffement des océans sur les écosystèmes marins tropicaux est issue des résultats d'expériences en laboratoire réalisées à court terme, ou de modèles déterministes (par exemple Kaniewska et al. 2012; Daniel et al. 2013.). Bien que de telles expériences de laboratoire soient indispensables, elles sont souvent trop brèves pour que l'organisme ait réellement eu le temps de s'acclimater aux conditions expérimentales, et les facteurs co-limitants (tels que les nutriments, les courants) sont difficiles à simuler ex situ. À ce jour, le seul outil pour étudier la capacité des coraux à s'adapter aux niveaux d'acidification projetés pour la fin du siècle est l'utilisation de résurgences sous-marines, où le CO2 s'échappant continuellement des fonds sous-marins modifie la chimie de l'eau de mer. Il est à noter que ces résurgences ont été continuellement actives depuis des siècles, voire des millénaires. Ces zones, avec de hauts niveaux en pCO2 où le pH et la saturation en carbonates sont faibles, offrent des systèmes adéquats pour l'étude des effets à long terme de l'acidification des océans sur les organismes et les populations de coraux.

Ainsi, depuis 2008 (Hall-Spencer et al. 2008; Rodolfo-Metalpa et al. 2011), plusieurs études ont utilisé ces résurgences sous-marines naturelles comme laboratoires naturels pour étudier les réponses des récifs coralliens à l'acidification des océans. Fabricius et al. (2011) ont exploré le système à proximité des îles Entrecasteaux de la province de Milne Bay, en Papouasie-Nouvelle-Guinée, montrant que certains coraux étaient capables de contrecarrer les pH acides. Globalement, les études réalisées sur les résurgences des îles d'Entrecasteaux en Papouasie-Nouvelle-Guinée ont révélé, en condition de faibles pH chroniques, des récifs dominés par des communautés de coraux massifs, tandis que les espèces à croissance rapide en sont exclues. Ainsi, certains récifs avec une couverture corallienne élevée peuvent exister dans une eau de mer de pH 7,8, toutefois ils présentent une communauté corallienne modifiée.

Ces études in situ montrent donc qu’il est possible pour certaines espèces de coraux (dénommées ci-après espèces gagnantes) de survivre dans des conditions environnementales proches de celles projetées pour la fin du siècle. Au contraire, certaines espèces en sont incapables (espèces perdantes). Ces observations soulèvent donc une question cruciale : quelles espèces coralliennes participeront encore à la configuration récifale dans les 50-100 prochaines années, lorsque l’océan sera devenu plus acide? En d’autres termes, peut-on prédire le devenir (mort/survie) d’une espèce ? Afin d’avancer dans les projections, il est maintenant indispensable d’aller plus loin dans la compréhension des mécanismes biologiques impliqués dans la survie du corail dans un environnement acide.

Ce projet original vise, par une approche intégrative alliant analyses physiologiques, génétiques et « omiques », et en tirant profit de l’existence de ces zones de résurgences naturelles en Papouasie-Nouvelle Guinée, à une meilleure compréhension des processus d’acclimatation/adaptation des coraux à un environnement acide. A l’aide d’expériences de transferts réciproques et croisés de coraux gagnants et perdants, dans des zones acides ou témoin.

Supports financiers:

  • ANR CARIOCA
Projets

Publications

Hors cadre Entropie

Lecompte F., Nicot P.C., Ripoll J., Abro M.A., Rimbault A.K., Lauri F., Bertin, N. (2017). Reduced susceptibility of tomato stem to the necrotrophic fungus Botrytis cinerea is associated with a specific adjustment of fructose content in the host sugar pool. Annals of Botany, 119(01):1-13– DOI: 10.1093/aob/mcw240.

Ripoll J, Bertin N, Bidel LPR, Urban L. (2016). A User’s View of the Parameters Derived from the Induction Curves of Maximal Chlorophyll a Fluorescence: Perspectives for Analyzing Stress. Frontiers in Plant Science. doi: 10.3389/fpls.2016.01679

Ripoll J, Urban L, Bertin N. (2016). The potential of the MAGIC TOM parental accessions to explore the genetic variability in tomato acclimation to repeated cycles of water deficit and recovery. Frontiers in Plant Sciences. 6:1172 doi: 10.3389/fpls.2015.01172.

Ripoll J, Urban L, Brunel B, Bertin N. (2016). Water deficit effects on tomato quality depend on fruit developmental stage and genotype. Journal of Plant Physiology. 190: 26-35. doi: 10.1016/j.jplph.2015.10.006.

Ripoll J., Urban L., Brunel B., L'Hôtel J-C., Garcia G., Bertin N. (2015). Impact of water deficit on tomato fruit growth and quality depends on the fruit developmental stage. Acta Horticulturae. DOI: 10.17660/ActaHortic.2016.1112.24.

Urban L., Staudt M., Ripoll J., Lauri F., Bertin N. (2015). Less can make more - revisiting fleshy fruit quality and irrigation in horticulture. Chronica Horticulturae. 54 (4), p. 24-31.

Ripoll J., Urban L., Staudt M., Lopez-Lauri F., Bidel L.P.R., Bertin N. (2014). Water shortage and quality of fleshy fruits - making the most of the unavoidable. Journal of Experimental Botany, 65(15), p. 4097-4117.

Ripoll J., Bon M.-C., Jones W.A. (2011). Optimization of the genomic DNA extraction method of silverleaf nightshade (Solanum elaeagnifolium Cav.), an invasive plant in the cultivated areas within the Mediterranean region. Biotechnologie, Agronomie, Société et Environnement, 15(1), p.95-100.


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Communications orales

Ripoll J. (2016). Parameters derived from fluorescence induction curves are powerful tools for characterizing water deficit effects on tomatoes according to genotypes and plant developmental stage. Umeä Plant Science Center, UPSC Days, Oral presentation as successful post-doc candidate (selected among 90 candidates), Umeä – Sweden (May 30-31).

Ripoll J. (2014). Les enjeux du déficit hydrique face aux changements climatiques - Améliorer la qualité des fruits et les défenses de la plante. Communication orale, Concours Ma thèse en 180 secondes, Finale locale d'Avignon (April 4).

Ripoll J. (2013). Effets de la contrainte hydrique, seule et en interaction avec d’autres stress biotique et abiotique, sur les mécanismes d’adaptation de la plante et la qualité du fruit, en fonction de la variabilité génétique. Communication orale, Journée Tersys 2013, Avignon (September 12).

Ripoll J. (2010). "Contribution de la diversité génétique et des traits d’histoire de vie au pouvoir envahissant de la Morelle Jaune Solanum elaegnifolium Cavanilles (Solanacae) dans un contexte de programme de lutte biologique", Communication Orale, Séminaire Printemps de Baillarguet 2010, Montferrier sur lez (April 29).

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Posters

Ripoll J., Bertin N., Urban L. (2015). Parameters derived from fluorescence induction curves are powerful tools for characterizing plant adaptive strategies to water deficit according to genotype and developmental stage. DROPS Congress, Montpellier (June 8-9). Poster.

Ripoll J., Urban L., Brunel B., L’Hôtel J-C., Bertin N. (2014). Impact of water deficit on tomato fruit growth and quality depends on the fruit developmental stage. 29e International Horticultural Congress, Brisbane (August 17-22). Poster digital.

Ripoll J., Bertin N., Al Halabi R., Buatois B., Staudt M. (2014). Monitoring plant odors in tomato culture for in-situ stress detection. Plant Biology Europe FESPB/EPSO Congress, Dublin (June 22-26). Poster.

Ripoll J., Urban L., Brunel B., Goujon A., L’Hôtel J-C., Causse M., Bertin N. (2014). Variability of the genetic response of tomato during soil drying and repeated cycles of water deficit and recovery. Plant Biology Europe FESPB/EPSO Congress, Dublin (June 22-26). Poster.

Ripoll J., Urban L., Brunel B., Goujon A., L’Hôtel J-C., Causse M., Bertin N. (2014). Combining deficit irrigation and recovery periods can save water and maintain yield and fruit quality in tomato. XVIIIth EUCARPIA Meeting of the Tomato Working Group, Avignon (April 22-25). Poster. First prize for the best student poster.

Ripoll J., Lecompte F., Nicot P., Lauri F., Urban L. and Bertin N. (2013). How to improve Fruit Quality and Plant Resistance? - Impacts of Deficit Irrigation at the Plant and Fruit Scales. Journée Tersys, Avignon (September 12). Poster. First prize for the best student poster.

Ripoll J., Brunel B., L'Hôtel J-C., Bertin N., Urban L. (2012). Adaptation des cultures au changement climatique : Réponse adaptative de la Tomate au déficit hydrique – Comparaison et sélection de différentes variétés commercialisables. Journée des Ecoles doctorales, Avignon (Oct 29-31), Poster.

Ripoll J., Guermache F., Jeanneau M., Kashefi J., Coleman R., Briano J., Jones W.A., Strickman D., Bon M-C. (2010). "Contribution de la diversité génétique et de traits d’histoire de vie au pouvoir envahissant de la Morelle Jaune, Solanum elaeagnifolium Cav, dans un contexte de programme de lutte biologique", Colloque national Ecologie 2010, Montpellier (September 2-4), Poster.

Beaudoin-Ollivier L., Frérot B., Ripoll J., Morin D., Meyobeme H. et Flori A. (2010). "Comparative activity of four Elaeidobius spp oil palm pollinators visiting oil palm inflorescences in Central Africa", Congress Palms 2010, International Symposium on the biology of the Palm family, Montpellier (May 5-7), Poster.


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