Les structures fédératives sont des regroupements d'unités de recherche qui ont un projet scientifique en commun.
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Le LABEX CORAIL« les récifs coralliens face au changement global » de la planète est un laboratoire d’excellence regroupant 9 institutions et 4 universités de métropole et d’outre-mer. Il vise à étudier les écosystèmes coralliens en vue d’améliorer leur gestion durable. L’objectif est de créer à terme un centre d’excellence français sur les récifs coralliens et de mettre la recherche française au premier rang mondial dans le domaine de la connaissance et de l’expertise sur les récifs coralliens.
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L'OSU-Réunion couvre l'ensemble des disciplines relevant des sciences de l'univers au sens large. Il regroupe, à l'Université de la Réunion, des unités de recherche membres de l'OSU, des laboratoires ou équipes associées, et des stations d'observation, l'ensemble représentant environ 80 personnes (permanents ou temporaires).
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Le Laboratoire Mixte International MIKAROKA a pour ambition de mettre en place une plate-forme d’observations fonctionnelle et pérenne de la biodiversité marine côtière et de ses usages à Madagascar, et une plate-forme de formation qui accompagnera les partenaires dans le renforcement de leurs capacités de recherche et de formation. La plate-forme d’observations s’organisera en six composantes thématiques, plus une composante transversale dédiée à la bancarisation et la sécurisation des données.
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Créée en 2016, l'infrastructure de recherche littorale et côtière (ILICO) vise à observer et comprendre les milieux et les écosystèmes côtiers et marins dans leur globalité. Ainsi, ILICO regroupe un ensemble de dispositifs d'observation permettant de collecter des échantillons et de déployer différents instruments de mesure en fédérant 8 services d'observation, dit "réseaux élémentaires" que sont : COAST HF, CORAIL, DYNALIT, MOOSE, PHYTOBS, ReefTEMPS, SOMLIT et SONEL.
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Le CRESICA (Consortium de Coopération pour la Recherche, l’Enseignement Supérieur et l’Innovation en Nouvelle-Calédonie) est né le 25 septembre 2014 de la volonté des organismes de recherche présents sur le territoire et de l’Université de Nouvelle-Calédonie d'engager une réflexion collective destinée à mieux coordonner leurs activités.